Репрессии. Опричнина. Террор
В 1560 сослан в Белозерский монастырь Сильвестр, отправлен в «почетную ссылку» Адашев. В 1563 году умирает Макарий. В 1564 бежал в Литву Андрей Курбский. Избранная рада перестала пользоваться доверием царя после кризиса 1553 года, когда во время тяжелой болезни царя при дворе появилась партия, которая поддержала в качестве наследника престола не сына Ивана Грозного, а его двоюродного брата Владимира Старицкого.
В начале 1565 года царь отрекся от престола, переехал в Александровскую слободу. После челобитной из Москвы согласился править, но на своих условиях. Прошло несколько волн репрессий среди высших чинов государства. За попытку приостановить казни был сослан, а потом убит митрополит Филипп (Колычев), ставший позже одним из самых почитаемых русских святых. В 1569 году был убит двоюродный брат царя Владимир Старицкий с женой с старшей дочерью.
В 1570 году после разорения Твери, Клина, Торжка и других городов царь совершил поход на Новгород - «для искоренения измены». По разным данным, было уничтожено от 3 до 10 тысяч человек. Количество погибших от голода после уничтожения запасов и хозяйств не поддается подсчету. Город был ограблен дочиста, включая Храм Святой Софии и архиепископский двор. С этого времени Новгород так и не смог оправиться. В 1861 году, когда в городе открыли Памятник Тысячелетию Руси, на нем, среди десятков фигур людей, оказавших влияние на развитие страны, места Ивану Грозному не нашлось.